CONTENTS
- 1. 세무소송 | 개념과 의의
- - 기업의 주요 세무 리스크
- 2. 세무소송 | 주요 유형
- - 과세처분 취소소송
- - 부당이득반환청구
- - 과징금 취소소송
- - 조세심판청구
- - 헌법소원
- 3. 세무소송 | 유형별 대응방안
- - 세무소송 핵심 법률 포인트
1. 세무소송 | 개념과 의의

세무소송은 과세당국의 세금 부과처분, 징수처분, 체납처분 등 세금과 관련된 행정행위나 민사상 부당이득 반환 청구 등에 대해 위법성을 다투거나 세금 환급을 청구하기 위한 법률 절차를 의미합니다.
국내 기업들은 법인세, 부가가치세, 원천세, 국제조세, 체납처분 등 다양한 세무리스크에 노출되어 있어 이러한 세무소송은 경영 안정성을 위해 반드시 대응 전략을 마련해야 하는 분야입니다.
세무소송은 단순히 세금 문제를 해결하는 것에 그치지 않고 기업의 조세법상 권리와 경영상 불확실성을 정리해 향후 과세 리스크를 예방하는 중요한 기능을 수행합니다.
특히 과세당국의 고액 과세처분이나 불합리한 세무조사, 체납처분 등은 기업의 존속과 거래신용에도 중대한 영향을 미치므로 적법하고 치밀한 법적 대응이 필수적입니다.
기업의 주요 세무 리스크
기업이 겪을 수 있는 주요 세무 리스크는 다음과 같습니다.
① 법인세 신고 오류 및 과소신고
자산 평가오류, 특수관계자 거래누락, 기부금 한도 초과, 비용누락으로 인한 법인세 과소신고는 가산세 부과와 세무조사로 이어질 수 있습니다.
② 부가가치세 과세
영세율 적용 오류, 매입세액 공제 부적격, 매출 누락, 이중계산 등이 발생할 경우 부가가치세 추징, 가산세 부과, 고발까지 연결됩니다.
③ 원천징수 불이행
급여, 용역 대가, 배당금 지급 시 원천징수 누락은 법인 대표자나 경리책임자의 형사책임까지 발생할 수 있으며 외국법인 대상 원천세 누락 시 국제조세문제로 확대됩니다.
④ 국제조세조정
이전가격 산정 위반, 해외 자회사 송금과세 문제, 조세피난처 거래 등은 고액 세액 추징과 함께 과징금 및 국제거래 신고 위반 책임을 초래합니다.
⑤ 세무조사 대응 실패
세무조사 중 자료 미제출, 허위자료 제출, 불복절차 미대응 시 중과세 처분, 고발조치, 거래처 세무리스크 전이 등의 추가 피해가 발생할 수 있습니다.
2. 세무소송 | 주요 유형

세무소송 주요 유형은 다음과 같습니다.
과세처분 취소소송
과세당국이 기업에 대해 법인세, 부가가치세, 원천세 등 세금을 부과했을 때 해당 처분이 위법하거나 부당하다고 판단되면 이를 법원에 다투는 소송입니다.
예를 들어 세무조사 과정에서 기업의 매출을 과도하게 추정해 과세하거나 비용으로 처리 가능한 항목을 부인하여 세액을 부풀려 부과하는 경우가 이에 해당합니다.
이 소송에서는 과세의 근거가 되는 세무조사 과정, 과세표준 산정방식, 과세 근거자료가 법률 및 세법상 적법했는지를 다투게 됩니다.
기업으로서는 처분 취소 시 이미 납부한 세금을 환급받거나 미납 세금 부담에서 벗어날 수 있습니다.
이의신청 또는 조세심판청구 선택 : 90일 이내에 이의신청 또는 조세심판청구 제기
행정소송 제기 (처분통지일로부터 90일 이내) : 과세관청을 상대로 관할 행정법원에 과세처분 취소를 청구하는 소장 제출
소송 진행 (서면공방, 변론기일) : 과세관청은 처분의 적법성을 주장하고 기업은 세법 해석의 오류, 증빙자료의 누락 등을 이유로 위법성 주장
판결 선고 : 법원은 과세처분의 적법성 여부를 판단하여 취소 또는 기각 판결
부당이득반환청구
기업이 과세당국의 위법한 세금 징수로 인해 납부한 세금을 돌려받기 위해 제기하는 민사소송입니다.
예를 들어 과거 부과된 세금에 대해 취소 판결이 확정되었으나 환급이 지연되거나 거부되는 경우 해당 부당이득의 반환을 법원에 청구할 수 있습니다.
이때는 이미 납부한 금액과 법정이자(환급가산금)를 포함하여 청구하는 것이 가능하며 처분 자체의 위법성 뿐만 아니라 징수 이후 환급 거부의 위법성도 쟁점이 될 수 있습니다.
소송 제기 : 과세관청을 상대로 부당이득반환 청구소송 제기
서면공방 및 변론 : 납부 사실, 과세처분 취소사유, 환급 청구 사실을 증명
판결 선고 : 세무당국이 반환 의무를 지는지 여부 결정
과징금 취소소송
세무당국이 세금 부과 외에도 기업의 조세법 위반행위에 대해 과징금을 부과할 수 있는데 이 과징금 처분의 위법성을 다투는 소송입니다.
예컨대 기업이 이전가격 세법 위반이나, 원천세 미징수 등의 이유로 과징금을 부과 받았을 경우 그 산정방식의 위법성, 절차상 하자, 비례원칙 위반 여부 등을 주장해 법원에 과징금 처분 취소를 구하는 절차입니다.
이 소송에서는 과징금의 법적 근거와 산출 내역, 행정절차의 적법성이 쟁점이 됩니다.
이의신청 또는 조세심판청구 가능 : 90일 이내 이의신청 또는 심판청구 가능
행정소송 제기 : 과징금 부과처분의 취소를 구하는 소장을 관할 행정법원에 제출
서면공방 및 변론기일 : 과징금 산정의 위법성, 비례원칙 위반 여부 등 주장
판결 선고
조세심판청구
행정소송을 제기하기 전 조세심판원에 과세처분의 취소 또는 변경을 구하는 행정심판 절차입니다.
세무조사 후 과세처분이 내려진 경우 90일 이내 조세심판청구를 할 수 있으며 심판결과에 따라 세금이 감액되거나 처분이 취소될 수 있습니다.
행정소송보다 절차가 신속하고 비용이 적게 들며 일단 이의신청 및 심판청구를 통해 법원의 소송 전 해결 가능성을 모색하는 것이 일반적입니다.
최근 기업의 고액 세금 추징 사건에서는 조세심판원에서 과세액을 일부 취소하거나 감경하는 사례가 많습니다.
조세심판청구서 제출 : 조세심판원에 청구서 접수
심판자료 제출 및 심리 : 양측 의견서, 증빙자료 제출 및 서면심리
심판결정 : 처분 취소, 일부 인용, 기각 결정
헌법소원
세금 문제와 관련하여 적용된 조세법률이나 행정처분 자체가 헌법상 기본권을 침해한다고 판단되는 경우 헌법재판소에 위헌 여부를 심판해 달라고 청구하는 절차입니다.
예컨대 부당하게 이중과세를 허용하거나 소급입법으로 기존 과세를 정당화하는 법률이 있을 경우 해당 법률이나 처분이 재산권, 평등권, 법치주의 원칙을 침해했는지 여부를 다투게 됩니다.
기업이 직접 헌법소원을 청구할 수도 있고 행정소송 중 법원이 위헌법률심판제청을 통해 헌법재판소에 심판을 요청할 수도 있습니다.
헌법소원 청구 또는 위헌법률심판제청 신청 : 직접 헌법재판소에 헌법소원을 청구하거나 법원에 위헌법률심판제청 신청
헌법재판소 심리 : 침해 여부 판단 및 위헌 여부 심판
위헌 결정 시 법률 무효화, 행정처분 무효 가능 : 위헌 결정으로 법령 폐기, 처분 취소 가능
3. 세무소송 | 유형별 대응방안

세무소송 유형별 대응 방안은 다음과 같습니다.
▶과세처분 취소소송
과세처분의 절차상 하자, 사실관계 오인, 법률해석 오류, 비례원칙·신뢰보호원칙 위반 여부를 입증하며, 세무신고 내역 및 과세표준 산출 근거자료를 확보합니다.
▶부당이득반환청구
징수된 세금의 위법성을 밝히고, 납부사실 증거와 부당이득의 존재를 입증하여 환급청구합니다.
▶과징금 취소소송
부과기준 위법성, 비례원칙 위반, 이중처벌금지 위배 여부를 주장하고 과징금 산정 근거 및 계산 오류 자료를 수집합니다.
▶조세심판청구
세무조사 절차위반, 과세표준 산정오류를 주장하며, 변호사 의견서 및 법령해석 자료를 제출하고, 유사 판례와 실무 사례를 근거로 제출합니다.
세무소송 핵심 법률 포인트
세무소송 핵심 법률 포인트를 확인하시고 기업의 세무소송 리스크에 확실하게 대응하시기 바랍니다.
점검 사항 | 확인 및 적용 방법 |
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과세처분의 절차적 적법성 | 과세통지서, 의견제출서, 예고통지서 수령 여부 및 송달증명 자료 확보 |
과세표준 및 세액 산출의 정확성 | 세무조사결과통지서, 과세내역서, 산출기초명세서, 세법 조문대비 |
증거자료와 사실관계의 명확성 | 과세증거목록 대비 기업 자체 회계자료·계약서·세금계산서 대조 |
법률해석의 합리성 및 유사 판례 검토 | 판례검색(KISS, LAWnB), 국세청 유권해석, 법령해석례 검토 |
비례원칙·평등원칙·신뢰보호원칙 위반 여부 | 유사 업종 과세사례, 종전 과세관행 조사, 법령 개정 내역 확인 |
심판·소송 진행절차의 적법성 | 절차진행표 작성, 소송서류 송달일 및 기한 관리, 법원 홈페이지 확인 |